Сергій народився й зростав у Борисполі. Після закінчення Бориспільської загальноосвітньої школи І-ІІІ ступенів № 6 (нині Бориспільський ліцей «Лідер») навчався в Київському інженерно-будівельному інституті. У мирному житті працював у місті Києві інженером-програмістом. Мав дружню родину: дружину та двох дітей. Сергій захоплювався тенісом, любив подорожувати і проводити вільний час з друзями та рідними.

Заради майбутнього дітей, цілісності та незалежності України з перших днів повномасштабного вторгнення пішов захищати рідну землю. Був призначений командиром інженерно-саперного взводу 3-го механізованого батальйону у складі 14 окремої механізованої бригади імені князя Романа Великого. Відповідальний, щирий, працьовитий, завжди був готовий прийти на допомогу, надійний, турботливий батько та люблячий чоловік, надзвичайно добрий і чесний до людей.  Такий і позивний у нього був «Добрий».

13 листопада 2022 року під час виконання бойового завдання, рятуючи життя побратима, Сергій Щегель загинув у результаті танкового обстрілу в селі Стельмахівка Сватівського району Луганської області.

Похований Герой у місті Києві.